重點科室：骨科、婦科、腦康復（高壓氧）科、重癥醫學科、綜合內科、綜合外科等。
骨科：浙江省人民醫院骨科共建學科，現有床位55張，由8位主任醫師、副主任醫師和多位富含臨床經驗的中青醫師組成的醫療團隊。除傳統的創傷、脊柱、關節、手足顯微手足外科之外，還開展關節鏡微創、脊柱微創和骨病非手術治療、頸肩腰背痛治療、中醫針炙、推拿、沖擊波等特色專科技術。
婦科：以婦科常見疾病診治為基礎，聚焦宮頸疾病、宮腔疾病、更年期等疾病，開展宮腔鏡技術、婦科微創治療技術、私密整形術等特色技術，并與國內享有盛譽的中信湘雅生殖與遺傳專科醫院合作，建立不孕不育輔助生育特色?？啤?/p>
腦康復（高壓氧）科：以神經康復與高壓氧治療為特色，擁有床位78張、配備單人高壓氧艙3臺，由浙江省高壓氧質控中心原常務副主任湯中泉領頭、多位富含臨床經驗的中青醫師和康復治療師組成的醫療團隊。重點開展腦出血、腦外傷、腦梗死恢復期規范化的康復，各種有害氣體中毒（包括一氧化碳中毒等）毒物中毒的搶救，遲發性腦病治療、心肺復蘇后急性腦功能障礙、突發性耳聾、帕金森病、癡呆等疾病的治療。
重癥醫學科（ICU）：科室配備專業的生命體征監護設備，呼吸機、床邊血濾機、支氣管鏡、輸液泵、注射泵、冰毯等設備，為危重患者的搶救提供了良好的條件?，F有床位18張（含2個負壓病房）。收住病種涵蓋重度中毒、腦出血、大面積腦梗塞、休克、急性呼吸衰竭、重癥感染、ARDS、心肺腦復蘇、急性腎衰竭、肺栓塞、嚴重水電解質紊亂、高風險手術術后管理等?？剖页Ｒ庨_展機械通氣、實時床旁超聲協助的多臟器評估，鎮痛鎮靜技術，氣管插管，經皮氣管切開，纖支鏡檢查及肺泡灌洗，中心靜脈置管，連續性腎臟替代治療，有創血流動力學監測，經皮胃造瘺及空腸造瘺等ICU核心技能。
綜合內科：以急性腦血管、癲癇、帕金森病診治，內窺鏡下消化病診治，心臟介入診治，心臟康復為特色?，F有兩個病區，床位156張。
綜合外科：以泌尿結石、膽囊結石、肛腸病、甲狀腺乳腺病、顱骨缺損等疾病診治為為特色?，F有床位25張。
創傷中心：涵蓋院前急救（120）、外科急診及創傷復蘇單元、創傷綜合病房，實現創傷與急危重癥的一體化救治，提高了外科急危重癥病人救治能力。
卒中中心：聯合院前急救（120）、急診科、內科（神經）、重癥醫學科、影像科等多個學科，為卒中患者提供個性化的治療途徑及方案，縮短救治時間，大程度改善卒中患者預后和減少醫療費用。
重點科室：骨科、中醫（頸肩腰腿痛）、內科、外科、婦科、康復醫學科。
骨科：骨科是上虞第三醫院的重點科室，設兩個骨科病區（五病區、六病區）及骨科專家門診、周巷傷科門診等多個科室，每日至少4名骨科醫生坐診。2016年與慈溪第三人民醫院共建周巷勞氏骨傷科合作醫院，2023年成為紹興市人民醫院黨建聯建單位和骨科專家工作站， 為上虞及周邊地區骨科患者帶來福音。骨科業務范圍包括：脊柱外科、關節外科、手足外科、創傷骨科、運動醫學等相關骨科疾病的診治、手術和治療。
中醫（頸肩腰腿痛）：醫院發展的重點專科。年門診量25000余人次，開放床位10張，年微創手術幾十臺?？剖覔碛幸恢С瘹馀畈?、團結向上、技術嫻熟的疼痛診療團隊。與浙江省人民醫院疼痛科團隊緊密合作，在我院成立中醫頸肩腰腿痛李順醫師工作室，由浙江省人民醫院疼痛科主任李順帶領其團隊定期出診，開展?？茖诜龀?、業務指導、遠程會診、雙向轉診、手術等合作?？剖夷壳耙咽炀氶_展頸肩腰腿疼痛、神經病理性疼痛、癌痛三大慢性疼痛領域的常規診療技術，包括中醫中藥、沖擊波物理治療、針灸針刀、彩超下可視化神經阻滯、臭氧射頻消融術、PRP、椎間孔鏡等多種診療技術。
內科：集心血管、消化系統、呼吸系統、內分泌、內科腫瘤等為一體的大內科，現有床位 86張（共設兩個病區：三病區、四病區），配備了專業的醫療設備，如呼吸機、呼吸氣囊、血糖儀、微量泵、輸液泵、胰島素泵、心電監護儀、心電圖機等，滿足患者日常護理所需。
外科：目前開展包括普外科、神經外科?？崎T診、肛腸便秘?？崎T診、泌尿外科、甲乳外科、包皮過長、膽囊微創手術、靜脈曲張專科門診等專業，開放床位35張，由多名主任醫師、副主任醫師和高年資主治醫師組成。在腦神經、甲乳、痔瘺、外周血管疾病方面擁有多年經驗及諸多特色技術。
婦科：重點科室，由徐秋媛領銜，多名婦科主任醫師、副主任醫師、高年資主治醫師組成，多年臨床經驗，學術能力強、梯隊建設完整。婦科秉承“關愛‘她健康’——讓更多關愛守護女性健康”的服務理念，致力于為您提供專業的婦、康一體化診療服務?？剖遗鋫鋵m腔鏡系統、腹腔鏡系統、LEEP刀、飛利浦多普勒彩色超聲影像系統等檢查、診斷、治療設備，熟練開展婦科各種常見病及疑難病的診治。
康復醫學科：由重癥康復病區（HDU病房）、普通康復病區及康復治療區組成，可以開展重癥康復治療。設有康復治療室、綜合訓練室、理療室、語言訓練室以及全套康復設備，專業開展運動治療、作業治療、吞咽訓練、（電、聲、光）治療、高壓氧艙治療等，主要收治腦血管疾病、顱腦創傷、脊髓損傷康復，骨與關節損傷康復、慢性病康復等。
重點科室：內科、內科（消化）、外科、全科醫療科、重癥醫學科、中醫科、中西醫結合科等。
內科：醫院重點打造的臨床核心科室，是集內科系統疾病中西醫治療、康復于一體的綜合性科室。設有門診、住院病房等診療區域，同時承擔內科危重癥搶救與監護任務。老年內科是醫院重點學科，經過多年的發展，本科室具備了良好協調處置老年疾病的綜合能力。內科醫護人員梯隊結構合理，專業理論扎實，臨床經驗豐富，技術力量雄厚，科室近年來取得了長足發展，在消化疾病、呼吸疾病、心腦血管疾病、神經、內分泌代謝等?？萍膊〉脑\斷和治療方面積累了扎實豐富的臨床經驗，依據各疾病專業指南，結合患者具體情況提供規范同時不失個性化的診療方案，受到患者朋友的好評。
內科（消化）：在消化系統的常見、多發病及疑難、危重疾病的診治方面積累了多年的臨床經驗，已形成一套自已的診療常規，成功救治大量消化系統患者。目前，科室擁有3名主任醫師，專業理論扎實，臨床經驗豐富，技術力量雄厚，人員結構合理，已形成了一支素質好、學歷高職稱高、業務精、肯吃苦、整體實力強、團結協作精神好、醫德醫風端正、創新意識強、專業人才結構與梯隊趨于合理的專業技術隊伍。
外科：建院成立較早的臨床科室，依托專業的層流手術室，配備有麻醉機、監護儀、顯微鏡、C臂機等一大批診療設備儀器。2024年，我院成為杭州市中西醫結合學會瘡瘍專業委員會“紹興瘡瘍基地”，運用當今治療壓瘡的多種技術整合創新，相互交叉滲透，探索出了一套行之有用的慢創治療體系，對患者實施“一站式”診療服務?？剖议_設壓瘡門診，并設床位66張。主要針對皮膚慢性潰瘍、壓瘡(褥瘡)、糖尿病足等局部缺血性壞死形成的潰瘍開展綜合治療以及對頑固性創面的手術修復和護理。具備處理各種創面的非手術和手術治療的一整套技術。
全科醫療科：一個集多個學科專業的醫療團隊組成的適應新社會醫療需求的綜合性科室?？剖胰藛T結構合理，技術力量雄厚，學科優勢明顯。滿足內科常見病、多發病及各種未分化疾病的診療需求，尤其對合并多種疾病的中老年患者提供一站式診療，以維護整體健康為理念，竭誠為患者提供專業、便捷、貼心的醫療服務。
重癥醫學科：我院是紹興市開設重癥學科的非公立醫院中非常早的一家。醫護技術力量過硬，學科帶頭人和骨干都是曾在三級醫院工作過的ICU主任和呼吸、心血管、ICU等專業醫師。目前設置床位38張，其中重癥監護病房床位 8 張，重癥治療病房床位30張，每床均配備心電監護儀，還配有呼吸機、電子控溫毯、空氣波壓力循環治療儀、血氣分析儀等設備。
中醫科：科室秉承“醫道仁心、病者為本”的理念，以溫良的整體氛圍，惠澤一方百姓。整個團隊齊心協作、奮發進取，在傳統中醫辨證施治的基礎上，不斷探索自己的治療經驗，采用中醫特色診療，在多種慢性病、疑難病中取得了不錯的療效。
中西醫結合科：自成立以來，始終秉持“中西醫融合”的特色理念，致力于為廣大患者提供專業的中西醫結合特色醫療服務。
