重點科室：骨科、中醫（頸肩腰腿痛）、內科、外科、婦科、康復醫學科。

骨科：骨科是上虞第三醫院的重點科室，設兩個骨科病區（五病區、六病區）及骨科專家門診、周巷傷科門診等多個科室，每日至少4名骨科醫生坐診。2016年與慈溪第三人民醫院共建周巷勞氏骨傷科合作醫院，2023年成為紹興市人民醫院黨建聯建單位和骨科專家工作站， 為上虞及周邊地區骨科患者帶來福音。骨科業務范圍包括：脊柱外科、關節外科、手足外科、創傷骨科、運動醫學等相關骨科疾病的診治、手術和治療。

中醫（頸肩腰腿痛）：醫院發展的重點?？啤Ｄ觊T診量25000余人次，開放床位10張，年微創手術幾十臺?？剖覔碛幸恢С瘹馀畈?、團結向上、技術嫻熟的疼痛診療團隊。與浙江省人民醫院疼痛科團隊緊密合作，在我院成立中醫頸肩腰腿痛李順醫師工作室，由浙江省人民醫院疼痛科主任李順帶領其團隊定期出診，開展?？茖诜龀?、業務指導、遠程會診、雙向轉診、手術等合作?？剖夷壳耙咽炀氶_展頸肩腰腿疼痛、神經病理性疼痛、癌痛三大慢性疼痛領域的常規診療技術，包括中醫中藥、沖擊波物理治療、針灸針刀、彩超下可視化神經阻滯、臭氧射頻消融術、PRP、椎間孔鏡等多種診療技術。

內科：集心血管、消化系統、呼吸系統、內分泌、內科腫瘤等為一體的大內科，現有床位 86張（共設兩個病區：三病區、四病區），配備了專業的醫療設備，如呼吸機、呼吸氣囊、血糖儀、微量泵、輸液泵、胰島素泵、心電監護儀、心電圖機等，滿足患者日常護理所需。

外科：目前開展包括普外科、神經外科?？崎T診、肛腸便秘?？崎T診、泌尿外科、甲乳外科、包皮過長、膽囊微創手術、靜脈曲張?？崎T診等專業，開放床位35張，由多名主任醫師、副主任醫師和高年資主治醫師組成。在腦神經、甲乳、痔瘺、外周血管疾病方面擁有多年經驗及諸多特色技術。

婦科：重點科室，由徐秋媛領銜，多名婦科主任醫師、副主任醫師、高年資主治醫師組成，多年臨床經驗，學術能力強、梯隊建設完整。婦科秉承“關愛‘她健康’——讓更多關愛守護女性健康”的服務理念，致力于為您提供專業的婦、康一體化診療服務。科室配備宮腔鏡系統、腹腔鏡系統、LEEP刀、飛利浦多普勒彩色超聲影像系統等檢查、診斷、治療設備，熟練開展婦科各種常見病及疑難病的診治。

康復醫學科：由重癥康復病區（HDU病房）、普通康復病區及康復治療區組成，可以開展重癥康復治療。設有康復治療室、綜合訓練室、理療室、語言訓練室以及全套康復設備，專業開展運動治療、作業治療、吞咽訓練、（電、聲、光）治療、高壓氧艙治療等，主要收治腦血管疾病、顱腦創傷、脊髓損傷康復，骨與關節損傷康復、慢性病康復等。